De Clercq bekleedt de post van Begroting op het moment dat de regering, ondanks een grote stakingsgolf in december 1960 en januari 1961, de Eenheidswet goedgekeurd krijgt. Deze wet omvat een ambitieus sociaaleconomisch en financieel hervormingsprogramma en gaat gepaard met een besparings- en soberheidsbeleid, en met nieuwe belastingen. Het door de regering gevoerde beleid ligt gevoelig binnen de liberale partij. De Clercq trekt regelmatig naar liberale bijeenkomsten om de maatregelen te kaderen en te verdedigen, te wijzen op hun noodzaak om de staatsfinanciën op orde krijgen en een beroep te doen op de medewerking en de burgerzin van de bevolking. Maar de eerste ministeriële ervaring van Willy De Clercq is uiteindelijk van korte duur: onenigheden tussen de christendemocratische en liberale coalitiepartners én binnen de CVP/PSC destabiliseren de regering. Eyskens probeert tevergeefs zijn regering nog te redden, maar zowel zijn eigen partijvoorzitter Theo Lefèvre als liberaal voorzitter Motz sturen aan op vervroegde verkiezingen. Op 17 februari 1961 geven de liberale ministers hun ontslag naar aanleiding van een technisch conflict over de uitvoering van de Eenheidswet. Op 20 februari weigert koning Boudewijn dit ontslag maar tekent hij het ontbindingsbesluit van Kamer, Senaat en de provincieraden.
Bij de daaropvolgende verkiezingen van 26 maart 1961 krijgt De Clercq de eerste plaats op de liberale Kamerlijst voor Gent-Eeklo. Laurent Merchiers trekt er de Senaatslijst. Ondanks zijn nieuwe status van gevestigde waarde speelt De Clercq ook bij deze campagne zijn jonge leeftijd uit met slogans als ‘de Toekomst hoort aan de Jongeren’. In een ‘open brief’5 aan zijn potentiële kiezers stelt hij de ‘vernieuwde Liberale Partij’ voor als ‘een sterke centrumpartij’ en pleit hij voor een ‘nieuwe politiek’, met een combinatie van budgettaire sanering, economische expansie en sociale vooruitgang. Hij grijpt de stakingen rond de Eenheidswet aan om een juridisch statuut te eisen voor de vakbonden en de werkgeversorganisaties en pleit voor een doortastende regering en ‘beperkte kabinetten bestaande uit energieke, jonge mannen’. Hij benadrukt de ‘doorslaggevende rol’ van de ‘jonge ministers’ tijdens de voorbije crisisperiode en wijst op het feit dat de jongste ministers uit de regering liberalen zijn. Vanop zijn lijsttrekkersplaats verzesvoudigt hij zijn aantal voorkeurstemmen naar 9136. Nationaal gezien gaan de liberalen er op het vlak van stemmenaantal licht op vooruit, maar verliezen ze een zetel. Ze vallen bij de vorming van de rooms-rode regering-Lefèvre uit de boot, zodat de kortstondige regeringsverantwoordelijkheid van De Clercq voorlopig geen vervolg krijgt.